ปัจจัยสำคัญอย่างหนึ่งของการเตรียม library สำหรับการวิเคราะห์ลำดับสารพันธุกรรมด้วยเทคโนโลยี Next-generation sequencing คือ ขั้นตอนในการตรวจวัดปริมาณของ libraries ที่ถูกเตรียมขึ้นมาก่อนการวิเคราะห์ลำดับ ปริมาณที่แม่นยำนั้นเป็นสิ่งจำเป็นหนึ่งที่ส่งผลต่อคุณภาพในการอ่านลำดับ และการสร้างข้อมูลที่มีประสิทธิภาพ
เทคนิคในการตรวจวัดปริมาณ NGS libraries ที่มีใช้อยู่ในปัจจุบันอย่างแพร่หลาย ได้แก่ เทคนิค Fluorometric measurement โดยใช้สีฟลูออเรสเซนต์เข้าไปจับโดยตรงที่โมเลกุลของ DNA library แล้วถูกกระตุ้นให้ปลดปล่อยสัญญาณแสงออกมา สัญญาณที่ได้จะถูกแปลงเป็นความเข้มข้นโดยนำไปเปรียบเทียบกับ DNA มาตรฐาน เทคนิคนี้มีความไวสูงกว่า สามารถวัดได้ที่ความเข้มข้นต่ำถึง 5 pg/µl และถือว่ามีความแม่นยำสูง อย่างไรก็ตามค่าปริมาณความเข้มข้นที่ได้จาก fluorometer นั้นมาจากดีเอ็นเอสายคู่ทั้งหมด หากดีเอ็นเออยู่ในรูปแบบ hairpin loop หรือรูปร่างที่สารสีฟลูออเรสเซนต์เข้าไปแทรกตัวไม่ได้ สามารถส่งผลให้ค่าความเข้มข้นที่ตรวจวัดได้คลาดเคลื่อน และน้อยกว่าความเป็นจริงได้ ขณะเดียวกัน libraries ที่ถูกเตรียมได้ไม่สมบูรณ์สามารถถูกตรวจวัดไปได้ด้วยเทคนิคนี้เช่นเดียวกัน ทำให้ค่าความเข้มข้นที่ตรวจวัดได้อาจมากเกินความเป็นจริง
การตรวจวัดปริมาณที่ได้ค่าต่ำเกินไปจากความเป็นจริงสามารถนำไปสู่การเกิดสัญญาณของเบสผสมกัน และไม่สามารถจัดเรียงลำดับได้อย่างถูกต้อง ในทางกลับกันหาก libraries ถูกตรวจวัดด้วยค่าสูงเกินไป ส่งผลให้ได้คลัสเตอร์ต่ำ และลดความสามารถในการจัดเรียงลำดับลง
ผลิตภัณฑ์ QIAseq Library Quant kit ใช้หลักการ real-time PCR เพื่อตรวจวัดปริมาณ NGS libraries โดยเฉพาะเจาะจงที่โมเลกุลที่ถูกติด adaptors ทั้งปลายสองด้านอย่างสมบูรณ์ ซึ่งจะเป็นโมเลกุลที่ถูกนำไปวิเคราะห์ลำดับสารพันธุกรรมต่อไป
จุดเด่นของ QIAseq Library Quant kit
- ภายในประกอบด้วย SYBR Green Mastermix, Primers และ DNA standard ที่พร้อมใช้งาน
- มีตาราง Microsoft Excel สำหรับคำนวณความเข้มข้นอัตโนมัติ เพียงใส่ข้อมูล CT values
- ขั้นตอนการใช้งานง่าย มีความไวสูง และมีช่วงการตรวจวัดที่กว้าง
- รองรับสำหรับทั้งแพลตฟอร์ม Ion Torrent และ illumina
- รองรับสำหรับเครื่อง qPCR ส่วนใหญ่ในท้องตลาดทั้งแพลตฟอร์ม 96-well และ Rotor
รูปที่ 1 ลำดับขั้นตอนการใช้งานของ QIAseq Library Quant Assay kit
Ordering Information
|
Product |
Cat No./ID: |
|
QIAseq Library Quant Assay Kit |
333314 |
|
QIAseq Library Quant Array Kit |
333304 |
สนใจสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติมได้ที่
https://www.qiagen.com/us/products/human-id-and-forensics/nextgeneration-sequencing/qiaseq-library-quant-system?catno=333314 หรือติดต่อ Info@biodesign.co.th หรือ Line: @BioDesign หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH
