CLC Genomics Workbench เป็นซอฟต์แวร์ชีวสนเทศสำหรับวิเคราะห์จีโนม ทรานสคริปโตม อีพิจีโนม ประกอบด้วยชุดขั้นตอนการทำงานสำเร็จรูป pre-built workflow สำหรับอำนวยความสะดวกในการวิเคราะห์ข้อมูล ทั้งยังสามารถถูกปรับให้ตรงตามความต้องการของผู้ใช้งานได้ ไม่ว่าจะเป็นการวิเคราะห์ลำดับเบสของ DNA หรือ RNA

    รองรับผลจากเครื่องหาลำดับเบสหลากหลายชนิด เช่น Illumina, Ion Torrent, PacBio, Oxford Nanopore และ MGI/BGI สามารถทำงานบนระบบปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ Lunix, macOS และ Windows ได้

รูปที่ 1 เครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์ชีวสนเทศใน CLC Genomics Workbench เวอร์ชั่น 23

สิ่งใหม่ !! ใน CLC Genomics Workbench เวอร์ชั่นล่าสุด (V.23)

1. QIAGEN CLC LightSpeed Module

2. QIAGEN CLC Cloud Module

3. QIAGEN CLC Microbial Genomics Module: ASV analysis

4. QIAGEN CLC Single Cell Analysis Module

 

• QIAGEN CLC LightSpeed Module

เครื่องมือสำเร็จสำหรับวิเคราะห์ข้อมูลจาก FASTQ to VCF (SNVs, Indels, CNVs, etc.) ได้ภายใน 30 นาทีสำหรับ 50x coverage Human whole exome (WES) และภายใน 1 ถึง 1.30 ชั่วโมงสำหรับ 34x coverage Human whole genome (WGS) ด้วยคอมพิวเตอร์แบบพกพา

• รองรับการวิเคราะห์ Germline และ Somatic variants (Q4, 2023)
• รองรับข้อมูล FASTQ จากทุกแพลตฟอร์มที่เป็น paired-end short-read ได้แก่ Illumina, MGI, Element, Ultima, PacBio Onso และอื่นๆ

รูปที่ 2 ชุดเครื่องมือสำเร็จสำหรับการวิเคราะห์ Ultra-fast read mapping and variant calling

• QIAGEN CLC Cloud Module

เครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลบน amazon web services (AWS) เป็นการวิเคราะห์โดยไม่พึ่งพาระบบประมวลผลบนคอมพิวเตอร์ของผู้ใช้ ทำให้เหมาะสำหรับข้อมูลตัวอย่างขนาดใหญ่ เช่น จีโนมมนุษย์ และพืช เป็นต้น ประกอบด้วย

• ฟังก์ชันสำหรับส่งเครื่องมือวิเคราะห์รวมถึง workflows ไปประมวลผลผ่าน CLC Genomics Cloud (AWS EC2)
• ฟังก์ชันสำหรับการเรียกดูและดึงผลลัพธ์จาก AWS S3

 

• เครื่องมือวิเคราะห์ Amplicon Sequence Variants (ASV) บน CLC Microbial Genomics Module v.23

1. จุดเด่นของ ASVs เทียบกับ OTUs

• ลำดับ DNA เดี่ยวที่ไม่ซ้ำใครที่อนุมานจากข้อมูลการหาลำดับของแอมพลิคอน
• มีความละเอียดสูงกว่า Operational Taxonomic Units (OTUs)

2. คุณสมบัติของเครื่องมือตรวจหา ASVs

• ใช้ Error profiling เพื่อแยกแยะความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์จากความผิดพลาดในการอ่านลำดับ
• สามารถแก้ไข ASV ได้จนถึงความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์หนึ่งตัว
• ตรวจหา amplicon sequence variants และกำหนดอนุกรมวิธาน (taxonomies)

3. คุณสมบัติของ ASV template workflow

• ตรวจหา amplicon sequence variants สำหรับแต่ละตัวอย่าง
• ผสานตาราง ASV abundance
• กำหนดอนุกรมวิธานให้กับลำดับในตาราง ASV abundance

 

รูปที่ 3 เปรียบเทียบ workflows การวิเคราะห์ OTU clustering และ Amplicon Sequence variants

• การวิเคราะห์ข้อมูล QIAseq xHYB Viral Panel ประกอบด้วย

• QIAseq xHYB Respiratory Panel
• QIAseq xHYB Viral STI Panel
• QIAseq xHYB Adventitious Agent Panel
• QIAseq xHYB MPXV Panel

คุณสมบัติ

1. การทำโปรไฟล์อนุกรมวิธาน (Taxonomic profiling)

2. การค้นหาข้อมูลจีโนมอ้างอิงที่จำเพาะกับตัวอย่างลำดับของไวรัส (Find Best Reference from viral reads)

3. การค้นหาข้อมูลการตรวจจับตัวแปรความถี่ต่ำ (Low-Frequency Variant Detection)

 

• การวิเคราะห์ข้อมูลยีนดื้อยา (Antimicrobial resistance)

การวิเคราะห์หาตัวบ่งชี้ยีนดื้อยาต้านจุลชีพ QIAseq xHYB AMR Panel โดยประกอบด้วยเครื่องมือ workflow สำเร็จรูป และฐานข้อมูลยีนดื้อยาต้านจุลชีพมากกว่า 7 แหล่งข้อมูล รวมถึง QMI-AR (The QIAGEN Microbial Insight - Antimicrobial Resistance database)

รูปที่ 4 เครื่องมือสำหรับ Drug Resistance markers ใน QIAGEN CLC Genomics Workbench

รูปที่ 5 ตัวอย่างผลลัพธ์ Antimicrobial resistance profile

• QIAGEN CLC Biomedical Genomics Analysis plugin v.23

ประกอบด้วยเครื่องมือสำหรับวิเคราะห์ Immune cell repertoire typing ได้แก่

• T-cell receptor/ B-cell receptor (TCR/BCR) typing tools
• Import of reference data
• Clonotype alignment
• Sankey plot
• Clonotype comparison

 

• QIAGEN CLC Single Cell Analysis Module 23.0

ประกอบด้วยเครื่องมือ ฐานข้อมูล และ Workflows สำหรับ:

1. การวิเคราะห์ลำดับเบสอาร์เอ็นเอ (RNA seq) ประกอบด้วย

• Automatic cell type annotation
• Clustering
• Dimensionality reduction
• Differential gene expression analysis and upload to QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA)
• RNA velocity

2. Immune-cell receptor repertoire analysis

3. ATAC-seq

4. Joint RNA-seq and ATAC-seq

5. Quality control tools and plots

 

สินค้าที่เกี่ยวข้อง

  QIAGEN CLC Genomics Workbench premium

 QIAseq xHYB Viral and Bacterial Panels

ข้อมูลการสั่งซื้อ

Product	Cat No./ID:
CLC Main Workbench, Desktop Plus	832040
CLC Genomics WB, Desktop Plus	832021
CLC Genomics WB Premium Desktop	832023
QIAseq xHYB AMR Panel (24)	333342
QIAseq xHYB Respiratory Panel (24)	333322
QIAseq xHYB Viral STI Panel (24)	333332
QIAseq xHYB Adventitious Agent Panel (24)	333352

 

สนใจสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติม

ติดต่อ Info@biodesign.co.th หรือ Line: @BioDesign หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH

 

 

“บทความผลิตภัณฑ์โดย คุณอนาวิล วงศ์ศฤงคาร Product Specialist บริษัท ไบโอดีไซน์ จำกัด”