Product Articles

QIAGEN CLC Genomics Workbench

QIAGEN CLC Genomics Workbench

CLC Genomics Workbench เป็นโปรแกรมที่สามารถใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลด้าน Bioioformaticไม่ว่าจะเป็นการทำ Sanger Sequencing, ออกแบบ Cloning Size สำหรับงาน Cloning และที่สำคัญสามารถวิเคราะห์ผล Next Generation Sequencing (NGS)

รูปที่ 1 ความสามารถของ CLC Genomics Workbench ในการวิเคราะห์ข้อมูลจาก Application ต่างๆ ของ Next Generation Sequencing และงานด้าน Molecular Biology

การวิเคราะห์ผล Next Generation Sequencing (NGS) สามารถใช้ได้กับข้อมูลหลากหลายรูปแบบ เช่น การ Assembly ข้อมูลที่เป็น De Novo ซึ่งไม่มี Reference ให้ใช้เป็นต้นแบบการวิเคราะห์ของ Whole Genome Sequencing และ Transcriptome Sequencing รวมถึงการวิเคราะห์ผลแบบ Reference Sequencing ซึ่งสามารถดึงข้อมูลจากฐานข้อมูลต่างๆ เข้ามาใช้เป็นต้นแบบที่รองรับทั้งข้อมูลของ Whole Genome Sequencing, Whole Exome Sequencing และ Targeted Panel นอกจากนี้ยังสามารถวิเคราะห์หา Variant Calling, ChIP-Seq, DNA Methylation (Bisulfite Sequencing Analysis), Microbiota, ITS Metagenome Sequencing และ RNA-Seq


รูปที่ 2 ตัวอย่างการวิเคราะห์ผล RNA-Seq ด้วย CLC Genomics Workbench

ในส่วนการวิเคราะห์ข้อมูล RNA-Seq และ Small RNA (miRNA, IncRNA) นักวิจัยสามารถทำได้ง่ายและสะดวกด้วย Transcriptomics Workflows ที่จะอธิบายถึงขั้นตอนการวิเคราะห์ เปรียบเทียบการแสดงออกของยีน (Differential Expression Analysis) และปริมาณการถอดรหัสของ RNA (Transcript Levels)

ไม่ว่าผู้วิจัยจะทำ NGS ด้วย Platform ใดก็ไม่ต้องเป็นกังวลถึงการวิเคราะห์ผลอีกต่อไป เนื่องจาก CLC Genomics Workbench สามารถใช้วิเคราะห์ Raw Data ได้อย่างหลากหลายไม่ว่าจะเป็น Illumina, IonTorrent, PacBio และ GeneReader ซึ่งสามารถรองรับผู้ใช้ได้อย่างหลากหลายทั้งแบบใช้งานบนเครื่องคอมพิวเตอร์แบบเดี่ยว (Desktop), แบบเครือข่าย (Network) และแบบ Server รวมถึงรองรับระบบปฎิบัติการ Window, Linux และ Mac OS X

นอกจาก CLC Genomic Workbench แล้ว ผู้ใช้งานสามารถเพิ่ม Plug-In Software เพื่อให้การวิเคราะห์ในแต่ละด้านสมบูรณ์มากขึ้น เช่น

  • CLC Genome Finishing Module: เหมาะกับการวิเคราะห์ Bioinformatics แบบเชิงลึกของ Whole Genome Sequence

  • CLC Microbial Genomics Module: เหมาะกับการวิเคราะห์ Bioinformatics แบบเชิงลึกเกี่ยวกับงานด้าน Microbiome ซึ่งจะครอบคลุมกับทำ OUT Analysis เป็นต้น

ดู Plug-In อื่นๆเพิ่มเติมได้ที่ https://digitalinsights.qiagen.com/products-overview/plugins/

 

สามารถดูข้อมูลเพิ่มเติมหรือขอทดลองใช้ Free Trial license ได้ที่

https://digitalinsights.qiagen.com/products-overview/discovery-insights-portfolio/analysis-and-visualization/qiagen-clc-genomics-workbench/ หรือติดต่อแผนก Technical Support E-mail: techsupport@biodesign.co.th หรือ Info@biodesign.co.th หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH

 

Ordering Information

TYPE

Catalog no

Product name

1 Year SUBSCRIPTION

832021

CLC Genomics WB, Desktop Plus

1 Year SUBSCRIPTION

832022

CLC Genomics WB, Network Plus

1 Year SUBSCRIPTION

832281

CLC Genome Finish Module, Desktop Plus

1 Year SUBSCRIPTION

832335

CLC Microbial Genomics Mod, Desktop Plus

1 Year SUBSCRIPTION

832023

CLC Genomics ProSuite