QIAGEN cancer panels ได้รับการพัฒนาภายใต้แนวคิด “Sample to insight solution” เป็นผลิตภัณฑ์ชุดน้ำยาเตรียม Library สำหรับการอ่านลำดับบน DNA ของมนุษย์ (DNA library preparation) เพื่อการตรวจหา low-frequency variants ได้แก่ small Insertions/deletions, Single nucleotide polymorphisms และ Copy number variation แบบมุ่งเป้า (targeted sequencing) เฉพาะยีน (genes) และบริเวณกลายพันธุ์ (mutations) ที่มีความเกี่ยวข้องกับโรคมะเร็งชนิดต่าง ๆ ด้วยประสิทธิภาพ (efficiency) ความแม่นยำ (accuracy) และปริมาณ (throughput) สูง ชุด Panel ครอบคลุมสูงสุดกว่า 480 ยีนส์ และมากกว่า 30 panels ที่รองรับการทำ multiplexing สูงสุดได้ 384 ตัวอย่างต่อการอ่านลำดับหนึ่งครั้ง

    ประสิทธิภาพ

• ความแม่นยำ (Accuracy) ด้วยนวัตกรรม molecular barcodes ช่วยให้สามารถลด bias จากการทำ PCR amplification ได้เพื่อความแม่นยำสูงในการระบุ low-frequency variants

• ความจำเพาะ (Specificity) ด้วยการผสมผสานที่เป็นเอกลักษณ์ของอัลกอริธึมการออกแบบไพรเมอร์ที่เป็นกรรมสิทธิ์ของ QIAGEN และการทดสอบอย่างเข้มงวดในการทดสอบไพรเมอร์ทุกครั้ง รับประกันความจำเพาะเจาะจงสูงและผลลัพธ์ที่แม่นยำ
• ความสม่ำเสมอ (Uniformity) ขั้นตอนการทำงานชุด QIAseq Targeted DNA panels ได้รับการปรับให้เหมาะสมเพื่อให้ผลลัพธ์การอ่านลำดับสารพันธุกรรมที่สม่ำเสมอ

• ความไว (Sensitivity) สามารถตรวจหา low-frequency variants ได้ต่ำอยู่ที่ 0.5 % VAF

โดย smCounter2 varinat caller สามารถระบุ 0.5% ของ SNVs ด้วยความไวมากกว่า 90% ที่ 12 FP/Mbp ได้ ดังแสดงในรูปด้านล่าง

รูปแสดง ประสิทธิภาพของ smCounter2 และ variant caller อื่นๆ อิงตามตัวแปร 457 NA12878 ที่มีความถี่อัลลีล 0.5% ใน panel ขนาด 928kb (แกน X คือ จำนวน false positives per million bases และแกน Y คือ ความไว)

• ความยืดหยุ่น (Flexibility) ชุด QIAseq Targeted DNA panels สามารถใช้ประยุกต์ได้หลากหลายแอพพลิเคชั่น สามารถสั่งทำ custom panel ตามยีนเป้าหมายที่ต้องการ และรองรับการ Multiplexing ได้สูงสุด 384 ตัวอย่างด้วย QIAseq indexes

รูปที่ 1 QIAGEN Sample to Insight NGS workflow

    ขั้นตอนการใช้งานโดยสังเขป

1. การเตรียมตัวอย่าง โดยทำการสกัดตัวอย่างแต่ละประเภทให้ได้ตามปริมาณ (ng) ตามที่กำหนดไว้ ดังนี้

• Standard DNA: ปริมาณ 10 – 80 ng แนะนำชุดสกัด QIAamp DNA Mini Kit
• Cell-free DNA (cfDNA): ปริมาณ 10 – 80 ng แนะนำชุดสกัด QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit
• Formalin-fixed paraffin-embedded: 100 – 250 ng แนะนำชุดสกัด QIAamp DNA FFPE Advanced Kit

2. การเตรียม library ด้วยชุดน้ำยา QIAseq Targeted DNA panels สามารถเลือก panel ย่อยได้ขึ้นกับประเภทของโรค และกลุ่มยีนส์ที่ต้องการศึกษา โดยมี workflow การเตรียม Library ตามรูปที่ 2
 

รูปที่ 2 QIAseq Targeted DNA Panels workflow

    Cancer Panel Kits สามารถใช้เตรียมได้ด้วยมือ (Manual preparation) หรือเตรียมด้วยเครื่องเตรียมอัตโนมัติ (Automated library preparation) โดยมีรุ่นที่รองรับดังต่อไปนี้

3. การอ่านลำดับสารพันธุกรรม (NGS run) Library ที่เตรียมจาก Kit สามารถใช้ร่วมกับเครื่องอ่านลำดับสารพันธุกรรม ได้หลายรุ่น ดังต่อไปนี้

• Illumina: MiniSeq^®, MiSeq^®, NextSeq^® 500/550, HiSeq^® 2500, HiSeq 3000/4000 และ NovaSeq^TM 6000
• Ion Torrent: Ion PGM^®, Ion Proton^®, Ion S5^®
• MGI G50

4. การวิเคราะห์ผลด้วย QIAGEN’s GeneGlobe Data Analysis มี Bioinformatics workflow ดังแสดงในรูปด้านล่าง (รูปที่ 3) ที่ประกอบด้วยขั้นตอน

1. การตรวจสอบคุณภาพ การจำแนก unique molecular index และการตัดแต่งไฟล์ reads
2. การเทียบข้อมูล reads กับ Reference genome
3. การกรองข้อมูล reads ที่คุณภาพต่ำ และจัดกลุ่ม Aligned reads
4. การจำแนกความแปรผัน (Variant calling)
5. การระบุยีนที่เกี่ยวข้อง (Annotation)
6. รายการความแปรผัน ในนามสกุล .VCF และรายงานการวิเคราะห์อื่นๆ

รูปที่ 3 QIAseq DNA data analysis workflow (https://geneglobe.qiagen.com/us/analyze)

    รายละเอียดผลิตภัณฑ์ และรายการ Cancer panels

    สามารถประยุกต์ใช้ได้ในงาน

• Profiling of DNA variants in solid and hematologic malignancies
• Hotspot detection in solid tumors
• Examination of variants in mitochondrial DNA
• Pain and ADME Pharmacogenomics
• Human identity and paternity testing
• Assessment of germline mutations for inherited diseases
• Profiling of all exonic bases in BRCA 1 and BRCA2

 

สนใจสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติม

ติดต่อ Info@biodesign.co.th หรือ Line: @BioDesign หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH

 

“บทความผลิตภัณฑ์โดย คุณอนาวิล วงศ์ศฤงคาร Product Specialist บริษัท ไบโอดีไซน์ จำกัด”