Ingenuity Pathway Analysis เป็นซอฟต์แวร์สำหรับการวิเคราะห์ และแปรผลข้อมูลการแสดงออกของยีน (Gene expressed ratio) ไปสู่เครือข่ายความสัมพันธ์ (Pathway) โดยรองรับข้อมูลการทดลองได้แก่

RNA-seq	Small RNA-seq
Metabolomics	Proteomics
Microarray	CRISPR

 

   ด้วย QIAGEN IPA ผู้ใช้งานสามารถทำนาย Pathway ว่าจะถูกกระตุ้น หรือยับยั้ง และผลกระทบที่อาจจะเกิดขึ้น (Downstream effects) และระบุ New targets หรือตัวชี้วัดทางชีวภาพ (Biomarkers) รวมทั้งช่วยให้วิเคราะห์ และตีความข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับยีน (genes) โรค (diseases) และตัวควบคุม (upstream regulators) เพื่อทำความเข้าใจผลการทดลองได้ง่ายมากยิ่งขึ้นโดยการเปรียบเทียบผลการวิเคราะห์ของผู้ใช้งาน กับฐานข้อมูลมากกว่า 100,000 publications

รูปที่ 1 QIAGEN Knowledge Base

   IPA ได้รวบรวมฐานข้อมูลกว่า 20 ปีโดยทีมนักวิชาการและผู้เชี่ยวชาญของ QIAGEN จากวรรณกรรม บทความ ผลการทดลองทางการแพทย์ และข้อมูลทางด้านโอมิกส์จากแหล่งวารสารวิชาการ และแหล่งพาณิชย์ โดยอัพเดตข้อมูลเป็นรายสัปดาห์ รวมไว้ทั้งสิ้นมากกว่า 9.8 ล้านคำค้นหา

รูปแบบการใช้งานซอฟต์แวร์ Ingenuity Pathway Analysis

   IPA เป็นซอฟต์แวร์รูปแบบ Website-based ให้ผู้ใช้งานสามารถอัพโหลดข้อมูลการทดลองที่มีค่า Expression ratio/ fold change และ gene ID ในนามสกุล text files (.txt), excel files (.xls,.xlsx,.csv) หรือ cuffdiff files (.diff) และรองรับการวิเคราะห์ข้อมูล Multiple experimental groups เช่น treatments, timepoints ได้สูงสูด 20 กลุ่มใน 1 ชุดข้อมูล

   IPA เปิดให้ผู้ใช้งานในกรณีที่มีชุดช้อมูลอยู่แล้ว ได้วิเคราะห์ความเชื่อมโยงภายในข้อมูลการทดลองของตนเอง ค้นหา Biomarker การระบุยีนเป้าหมายและตัวควบคุม และการค้นพบกลไกของโรคอุบัติใหม่โดยเปรียบเทียบจากฐานข้อมูลของ IPA อย่างไรก็ตามหากผู้ใช้งานไม่มีข้อมูลจากการทดลอง ซอฟต์แวร์ IPA ได้เปิดให้ผู้ใช้งานสามารถเข้าถึงฐานข้อมูล QIAGEN knowledge base ค้นคว้า ทดสอบสมมติฐาน อ้างอิงจากฐานข้อมูลที่ได้รับการเผยแพร่แล้ว และระบุความน่าจะเป็นของการทดลองก่อนลงมือทำจริง

วิเคราะห์ด้วยชุดข้อมูล (with dataset)	วิเคราะห์โดยไม่มีชุดข้อมูล (without a dataset)
Find connections in your data	Search and explore the QIAGEN knowledgebase
Novel biomarkers	Test hypothesis in silico
Identify key targets and regulators	Identify degree of novelty in a hypothesis
Discover novel disease mechanisms

 

   ความสามารถของซอฟต์แวร์ Ingenuity Pathway Analysis (IPA)

• วิเคราะห์ และแปรผล “OMICS data” ในบริบททางชีววิทยา
• ตรวจสอบกลไกทางชีววิทยาที่เป็นสาเหตุของโรค การรักษาด้วยยา และหน้าที่ของเซลล์
• จำแนกตัวชี้วัดทางชีวภาพ (biomarkers) และตัวควบคุม (key regulators) ที่เกี่ยวข้องกับผลการทดลอง
• ตรวจสอบปฏิสัมพันธ์ของยีนและโรคโดยการสร้างเครือข่ายที่กำหนดเองได้ (custom networks)

ประเภทของข้อมูล และสิ่งมีชีวิตที่รองรับ

ประเภทของข้อมูล (Omic Data type) ที่รองรับ

Species ที่รองรับ

RNA seq Single cell RNA seq Microarray Nanostring qPCR ChIP-seq Proteomics Metabolomics RNAi CRISPR WGS/WES

Human Mouse Rat Atlantic Salmon (Salmo salar) Arabidopsis thaliana (Thale cress) Bat (Greater horseshoe bat, Rhinolophus ferrumequinum) Caenorhabditis elegans Cat (domestic, Felis catus) Chicken (Gallus gallus) Chimpanzee (Pan troglodytes) Chinese hamster (Cricetulus griseus, CHO-K1) Cow (Bos taurus) Crab-eating macaque (Macaca fascicularis) Dog (Canis lupus familiaris) Fruit fly (Drosophila melanogaster) Golden hamster (Mesocricetus auratus) Guinea pig, domestic (Cavia porcellus) Horse (Equus caballus) Pig (Sus scrofa)) Rabbit (Oryctolagus cuniculus) Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) Rhesus Monkey (Macaca mulatta) Saccharomyces cerevisiae Schizosaccharomyces pombe Sheep (Ovis aries) Western clawed frog (Xenopus tropicalis) Zebrafish (Danio rerio)

 

Applications การประยุกต์ใช้งาน:

• Transcriptomics
• Biomarker discovery
• miRNA research
• Toxicogenomic
• Metabolomics
• Drug repositioning
• Proteomics
• Causal network analysis

 

สนใจสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติม

ติดต่อ Info@biodesign.co.th หรือ Line: @BioDesign หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH

 

 

“บทความผลิตภัณฑ์โดย คุณอนาวิล วงศ์ศฤงคาร Product Specialist บริษัท ไบโอดีไซน์ จำกัด”