(Wang et al., 2009)
การศึกษางานด้าน SSR (simple sequence repeats: microsatellites) ด้วยเทคนิคที่เป็นที่นิยมอย่าง agarose และ polyacrylamide gel electrophoresis ถูกนำมาใช้สำหรับดูและวิเคราะห์ผลของแถบดีเอ็นเอ อย่างไรก็ตามเทคนิคดังกล่าวยังมีข้อจำกัดต่างๆ เช่น (1) มีขั้นตอนและระยะเวลายาวนานสำหรับเตรียมเจลและอ่านผล (2) การแยกความแตกต่างของขนาดดีเอ็นเอยังไม่แม่นยำ (3) ทำการวิเคราะห์ตัวอย่างได้แบบ low throughput เป็นต้น ดังนั้นงานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาผลการใช้เทคนิค capillary electrophoresis ในการวิเคราะห์และอ่านผล SSR data ได้อย่างรวดเร็วและแม่นยำ
โดยออกแบบการทดลองด้วยการเปรียบเทียบผลการวิเคราะห์ SSR ในตัวอย่าง Cornus florida L. (flowering dogwood) ของทั้ง 5 วิธี ได้แก่ agarose gel, polyacrylamide gel, QIAxcel System (Qiagen, USA), CEQTM 8000 Genetic Analysis System (Beckman Coulter, USA) และ ABI 3130xl DNA Sequencer (Applied Biosystems, USA)
.png)
จากผลการทดลองพบว่า เทคนิคดั้งเดิมอย่าง polyacrylamide gel สามารถใช้อ่านผล allele ได้ดีกว่าแบบ agarose gel อย่างไรก็ตามทั้งสองเทคนิคยังไม่สามารถนำมาใช้ระบุขนาดของ allele ได้แม่นยำมากนัก เมื่อเทียบการระบุผลแบบ BioCalculator ของเครื่อง QIAxcel System ที่สามารถระบุขนาด bpของ allele ได้อย่างละเอียดและแม่นยำ ( Figure 1.)
ในขณะที่เทคนิคอย่าง capillary electrophoresis อย่าง CEQTM 8000 Genetic Analysis System และ ABI 3130xl DNA Sequencer ทั้งสองรุ่นใช้หลักการ fluorescent labeled primers สามารถระบุขนาดของ allele ได้อย่างแม่นยำที่สุดในบรรดาเทคนิคต่าง ๆ (Figure 3.) แต่มีราคาที่ค่อนข้างสูง ส่วน QIAxcel System ใช้หลักการ 12 micro-channels cartridges ซึ่งภายในประกอบด้วย gel matrix ที่มี fluorescent dye โดยไม่ต้องมีการ labeled primers และสามารถระบุขนาดของ allele ได้อย่างแม่นยำใกล้เคียงกับทั้ง 2 รุ่น ดังกล่าว สามารถอ่านผลได้อย่างรวดเร็ว และเหมาะกับการศึกษา mapping และ population diversity analysis และนำมาประยุกต์ใช้ในงานระดับห้องปฏิบัติการได้อีกด้วย
Reference
Wang X, Rinehart T, Wadl P, et al (2009). A new electrophoresis technique to separate microsatellite alleles. African Journal of Biotechnology 8(11):2432-2436.
สนใจสอบถามข้อมูลได้ที่
https://www.qiagen.com/us/products/instruments-and-automation/quality-control-fragment-analysis/qiaxcel-connect-system
หรือติดต่อแผนก Technical Support E-mail: techsupport@biodesign.co.th หรือ Info@biodesign.co.th หรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH
