SARS-CoV-2 Next Generation Sequencing (NGS) ด้วย QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 kit
จากเหตุการณ์การแพร่ระบาดของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (COVID-19) โดยเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 นั้น ไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปหลายสายพันธุ์ ส่งผลความสามารถในการแพร่ระบาด อาการ และความรุนแรงของโรคที่แตกต่างกันไป ดังนั้นการตรวจวินิจฉัย และวิจัย เชื้อไวรัส SARS-CoV-2 ในระดับจีโนม ด้วยเทคโนโลยี Next Generation Sequencing (NGS) ว่ามีการกลายพันธุ์แบบใด ตำแหน่งใดบ้าง จึงมีความสำคัญกับเหตุการณ์ในช่วงนี้เป็นอย่างมาก
รูปที่ 1 การกลายพันธุ์ของ SARS-CoV-2
แต่ด้วยปริมาณของตัวอย่างที่เก็บได้จากผู้ป่วยในแต่ละครั้งมีปริมาณน้อย ทำให้ปริมาณของไวรัสที่ได้น้อยตามไปด้วย จึงจำเป็นต้องมีการเพิ่มปริมาณจีโนมของไวรัสก่อนที่จะทำ Library prep โดย QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 kit ของ QIAGEN นั้นเป็น All-in-one kit ที่สามารถช่วยแก้ปัญหานี้ได้ โดยเริ่มตั้งแต่การเพิ่มปริมาณจีโนมของไวรัส และการติด index พร้อม Library amplification ภายในชุดเดียว ทำให้สามารถเตรียม Library prep เสร็จได้ภายใน 1 วัน ซึ่งในชุดมีองค์ประกอบสำคัญคือ
-
RP primer (random hexamer) และ EZ Reverse Transcriptase สำหรับสร้าง cDNA
-
Primer มากกว่า 550 primer ครอบคลุมจีโนมของไวรัส ที่มีขนาดถึง 29.9 kb สำหรับเพิ่มปริมาณยีนของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2
-
QIAseq Bead สำหรับทำบริสุทธิ์ DNA
-
QIAseq DIRECT UDI ที่มีส่วนผสมเป็น index และ Forward, Reverse Primer สำหรับ index โดยจะมี index ให้เลือกใช้ถึง 384 index โดยแยกเป็น 4 set (A-D) แต่ละ set จะมี 96 index
รูปที่ 2 QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 kit
รูปที่ 3 ขั้นตอนการทำงาน
หมายเหตุ: สามารถใช้งานได้กับเครื่อง Illumina NGS platforms รุ่น iSeq 100, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 500/550, HiSeq 2500, HiSeq 3000/4000 และ NovaSeq 6000.
Ordering Information
Product |
Cat No./ID: |
QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit A |
333891 |
QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit B |
333892 |
QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit C |
333893 |
QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 Kit D |
333894 |
QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 HT (A-D) |
333898 |
สนใจสอบถามข้อมูลได้ที่
https://www.qiagen.com/us/products/next-generation-sequencing/rna-sequencing/qiaseq-direct-sars-cov-2-kits/?clear=true&clear=true#orderinginformation หรือ ติดต่อแผนก Technical Support E-mail: techsupport@biodesign.co.th หรือ Info@biodesign.co.thหรือ https://www.facebook.com/BioDesignTH
“บทความผลิตภัณฑ์โดย คุณเทวฤทธิ์ สูงรุ่ง ”